Die Abteilungen sind kleine „Untervereine“, die alle Mitglieder an ihren jeweiligen Schulen zusammenfassen. Sie beschließen über die Verwendung der finanziellen Mittel und organisieren damit – typischerweise in enger Zusammenarbeit mit der jeweiligen SMV – Projekte und Veranstaltungen. Insbesondere wirken sie an der Organisation des Abi- bzw. Abschlussballs mit, den der Hauptverein für sie jedes Jahr veranstalten.
Es bestehen die folgenden Abteilungen:
Treten zumindest drei Schülerinnen oder Schüler einer neuen Schule in den Verein ein, so gründen diese eine VSA-Abteilung an ihrer jeweiligen Schule. Diese führt den (Kurz-)Namen der jeweiligen Schule mit den Vorsatz „VSA-Abteilung“ oder kurz „VSA-„, z. B. „VSA-Carolinum“
Der innere Aufbau einer Abteilung entspricht im kleinen dem Hauptverein im großen: Die Abteilungsversammlung als Versammlung aller Abteilungsmitglieder wählt den/die Sprecher/in, entlastet diese und bestimmt die Eckpunkte der Tätigkeit. Die Sprecherin bzw. der Sprecher leitet die Abteilung und vertritt diese gegenüber dem Verein und Dritten (z.B. der Schule oder externen Partnern). Wie die rechtliche Grundlage des Vereins die Vereinssatzung bildet, so regelt die Abteilungssatzung die Grundlagen der Abteilungen. Sie steht hier zum Download bereit.
Gemeinsam bilden alle Abteilungen die sog. „VSA-Schulabteilungen“ (Schülerjugend i. S. d. § 11 der Satzung des VSA), sie sind rechtlich bzw. organisatorisch dieser angegliedert und entsenden über diese einen Vertreter in den Vorstand des Vereins. So sind die Abteilungen in alle Angelegenheiten eingebunden und stets informiert.